Lugar originário, provavelmente, de uma fazenda jesuítica, a primeira referência documental sobre as terras de Bohy data de 1607, quando Fernão Dias Paes (o Moço), Pero Dias e Braz Esteves requereram o que sobrara das terras do bandeirante Domingos Luís Grou.

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Em 24 de janeiro de 1624, Fernão Dias Paes e sua mulher, Catarina Camacho, fazem a doação de sua fazenda aos padres da Companhia de Jesus, mas somente em 27 de julho de 1668, as terras de Bohy passam definitivamente a pertencer aos jesuítas.

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Por volta de 1690, o padre Belchior de Pontes inicia a construção da igreja de Nossa Senhora do Rosário, transferindo a santa da antiga capela para onde hoje se encontra a capela do Museu de Arte Sacra.  Substituindo o padre Belchior, morto em 1719, o padre Domingos Machado constrói o anexo que serviria de residência aos religiosos e noviços da companhia, terminando as obras por volta de 1740. Com o decorrer do tempo, imagens foram sendo esculpidas por padres que eram auxiliados pelos índios. Algumas destas esculturas estão expostas no Museu de Arte Sacra de Embu.